Shininchi Kudo/Bobby Jackson : Es el detective adolescente que encogió y protagonista de esta historia, ahora conocido bajo la identidad de Conan Edogawa. Sus padres son Yusaku Kudo, un famoso escritor de novelas de misterio, y Yukiko Kudo, una actriz retirada. Más adelante, sus padres descubrirán que él ha encogido. En la versión estadounidense se le llamó Jimmy Kudo.
Conan Edogawa/Conan Blasy : Es en realidad Shinichi Kudo. Se trata del protagonista de la historia, y tiene la apariencia de Shinichi cuando era pequeño pero con gafas. Forma parte de la liga de detectives juniors. Lleva unos cuantos inventos del profesor Agasa: el transformador de voces (la pajarita), el reloj que dispara dardos que hacen dormir, los tirantes que tienen una fuerza descomunal, igual que las zapatillas, las gafas, etc.
Ran Mouri/Claudia Guzmán : Es la capitana del equipo de kárate de su instituto. Shinichi está perdidamente enamorado de Ran al igual que ella de él.
Kogoro Mouri/Carlos Guzmán : Es un detective más bien mediocre, padre de Ran y ex-marido de Eri-Kisaki, una famosa abogada.
Hiroshi Agasa/Profesor Cardillo : Es el único que, en un principio, conoce la identidad real de Conan, al que provee de espectaculares artilugios que le ayudan a resolver los casos que se le presentan.
Genta Kojima/Beto : Es un amigo de Conan, le gusta Ayumi y su comida favorita son las anguilas con arroz.
Ayumi Yoshida/Jésica : Es una amiga de Conan y está enamorada de él.
Mitsushiko Tsuburaya/Jorgito : Es un amigo de Conan y le gusta en un primer lugar Ayumi, aunque después se fija también en Haibara.
Sonoko Suzuki/Susana/Sarita : Es la mejor amiga de Ran, hija de una familia muy adinerada.
Ai Haibara: Es la chica de la organización de los hombres de negro que se pasa al bando de los buenos, y poco a poco, se enamora de Conan pero de una forma más intelectual que física.
Yusaku Kudo/Gerardo Jackson/Arturo Jackson : Es el padre de Shinichi. Es un reconocido novelista de misterio que vive en Los Ángeles. De vez en cuando, junto a su esposa Yukiko viajan a Japón y ven a Shinichi. En algunas películas aparecen como personajes envueltos en la historia. En el capitulo 193, se hace referencia que este personaje también fue detective, y logro resolver con la misma rapidez como lo que hace su hijo.
Yukiko Kudo/Loreta Jackson/Ortencia Jackson : Es la madre de Shinichi. Es una conocida actriz que dejó su carrera cuando se casó con Yusaku y también vive en Los Ángeles.
Heiji Hattori/Alfredo/Héctor : Es un detective de Osaka tan conocido por aquellos lugares como el mismo Shinichi Kudo. Descubre la verdadera identidad de Conan con gran facilidad a lo largo del desarrollo de la historia. Sus padres son Heizo Hattori (comisario de la policía de Osaka) y Shizuka Hattori.
Kid el Ladrón/Kid Misterioso o Niño Gato de la Noche : También conocido como Kaito Kid, es un ladrón buscado internacionalmente que se parece mucho a Shinichi. Tiene su propia serie manga del mismo autor, Magic Kaito, anterior a Detective Conan. Viste una capa y un sombrero de copa blancos y lleva un monóculo en el ojo derecho, exactamente igual que el personaje de Moriarty del anime Sherlock Hound.
Makoto Kyougoku: es el novio oficial de Sonoko Suzuki, lo conoce en una playa de Izu y ella se enamora después de que le salvara la vida. Es el capitán del equipo de karate del instituto Haido. Aparece poco en la historia, y además le encanta la serie Doraemon, a pesar de tener espolones.
Kazuha Toyama : amiga de la infancia de Heiji, que está enamorada de él. Su padre también trabaja en la policía y es muy amigo de Heizo.
Sharon Vineyard: actriz amiga de Yukiko. Todos creen que Chris Vineyard es su hija, pero en realidad son la misma persona. En el primer capítulo que aparece es en El caso en Nueva York de Kudo Shinichi
Eisuke Hondō : es un alumno nuevo que va a la clase de Ran y Sonoko, siempre se está dando golpes, además es un muchacho bastante misterioso y parece conocer la verdad del "Kogoro durmiente". En el file 621, Conan le dirá que él es Shinichi Kudo y Eisuke confesará que está enamorado de Ran.
Yoko Okino : cantante favorita de Kogoro Mōri.
Doctor Araide : primero se ve involucrado en el asesinato de su padre, donde conoce a Ran y se enamora de ella.
Azusa: camarera del bar de debajo del despacho de Kogoro Mōri, el Hércules Poirot. Gracias a ella consiguen 2 casos (ambos involucrando un teléfono móvil).
Jūzō Megure/Inspector Vera : Es el inspector de la policía encargado de resolver los casos, por lo que se encuentra a menudo con Conan y Kogoro. Él cree que Kogoro atrae a los asesinatos.
Miwako Sato : Inspectora de la policía de Tokyo, es muy bella y tiene muchos pretendientes, entre los que destacan Takagi y Shiratori.
Wataru Takagi : Inspector de la policía de Tokyo que normalmente acompaña a Megure, está enamorado de Sato y sospecha que Conan Edogawa no es un niño normal.
Ninzaburo Shiratori: Inspector de la policía de Tokyo. Está enamorado de Sato, e intenta sabotear por todos los medios sus citas con Takagi, al que ve como un rival. Es de familia adinerada.
Chiba: Policía de Tokyo, normalmente aparece comiendo. Es un gran amigo de Takagi.
Yumi Miyamoto : Policía encargada del tránsito, ayuda a TakagiSato. Es bastante simpática y parlanchina. para conquistar a
Inspector Yamamura: Inspector de la prefectura de Gunma, se cree un gran detective y admira a Kogoro Mouri. Es bastante torpe.
Sango Yokomizo: Inspector de policía que aparece también con frecuencia en los casos. Fue trasladado desde Shizuoka a Saitama. Tiene un hermano gemelo, Jugo Yokomizo, que también es inspector.
Heizo Hattori: Es el comisario jefe de Osaka y el padre de Heiji Hattori. Es bastante temido por todos los criminales, lo que le ha hecho ganarse el apodo de "El demonio".
Inspector Toyama: Padre de Kazuha y gran colaborador del comisario Heizo.
Inspector Otaki: Inspector de la sección de homicidios de Osaka, es como una especie de Megure de Osaka.
Estos son personajes que pertenecen al FBI:
Jodie Saintemillion: es una agente que se hace pasar por la profesora de inglés de Ran y Sonoko, su verdadero nombre es Jodie Starling. Odia a Vermouth por haber asesinado a su padre cuando ella tenía unos 8 años. Ha viajado a Japón para seguir su pista, junto a Shuichi Akai, otro miembro del FBI. Su jefe es James Black.
Shuichi Akai : es un agente que lleva puesta una gorra de lana negra. En el file 609, Kir, obligada por los hombres de negro, lo mata. Aunque la figura que aparece en el último momento de la página es la suya con las manos en el bolsillo.
James Black: tambiés es parte del FBI, ha vivido en Chicago y ahora esta en Japón junto a Jodie y Akai. La primera vez que aparece en la historia lo secuestran, pero gracias a Conan no le pasa nada; más tarde demuestra ser un agente del "FBI" con más cargo que los demás, y hasta Conan se sorprende de lo mucho que sabe este hombre.
Andre Camel: agente que aparece por primera vez en el file 600. Se sabe poco de él, es bueno conduciendo y no tiene familia. En un principio "Jodie" estaba convencida de que era uno de los hombres de negro, pero gracias a "Kir", el agente del FBI, se salva de una muerte segura a manos de "Gin" y los demás.
Estos son los personajes que pertencen a la Organización de los Hombres de Negro :
Gin y Vodka son los hombres de negro que hicieron tomar el veneno a "Shinichi/Conan", y desde entonces aparecen intermitentemente durante todo el desarrollo de la historia. Gin y Vodka son hermanos, y tienen rangos diferentes en la organización: mientras que Gin es la mano Izquierda del Jefe de la organización, Vodka es solo el subordinado de Gin por no tener tanta sangre fría.
Tequila (muerto): Apareció en el capítulo 54 y murió también en el mismo capítulo una muerte muy en vano para "Conan", el cual había conseguido una pista sobre la organización; en el futuro consigue por poco tener las huellas de "Vodka" gracias a un caso en el que se ve intervino este personaje antes de morir.
Akemi Miyano (muerta): Akemi era la hermana mayor de Shiho y no estaba tan puesta en la organización, pero sí trabajaba para ellos con el fin de que algún día las dos pudieran escapar de esa cárcel, apareció y murió en el capítulo 128 a manos de Gin. Con el tiempo se descubre que ella conocía a Shuichi Akai y tal vez avía habido algo entre ellos, motivo tal vez por el que "Akai" quería hablar con "Haibara" y no quería que ella descubriera su presencia.
Shiho Miyano (Sherry): Más conocida por su identidad falsa "Ai Haibara", trabajaba para la organización de los hombres de negro y fabricó la droga que encogió a "Shinichi/Conan"(APTX 4869), y que utilizó para suicidarse, pero que gracias a la cual, pudo escaparse de la organización. Posteriormente se va a vivir a casa del "Profesor Agasa". Desde ese momento se hace amiga de Conan (Shinichi), y juntos ocultan su identidad en un cuerpo de niño. Siempre van con el grupo de la Liga Juvenil de Detectives, aunque le cuesta comportarse como una niña de 7 años, a veces da el pego.
Pisco (muerto): Apareció en los capítulos del 176 al 178 pero fue asesinado por "Gin" en el Hotel Haido por ordenes de el jefe de la organización, el cual envía a Vermouth como sustituta para el papel de matar a Shiho. Este personaje conocía a los padres de "Shiho & Akemi" y sabía cómo habían muerto en realidad, incluso había descubierto el secreto del veneno de "Shiho", pero no le dio tiempo a hablar.
Kiichiro Numabuchi (muerto): Apareció por primera vez en Osaka en el capítulo especial de 1 hora = 118 y reapareció en el episodio 290. En ese mismo capítulo es donde "Conan" se enteró de que era el conejillo de indias de la Organización por boca de "Haibara", con el que probaban las drogas que ella creaba, pero en ese mismo capítulo la policía lo condena a muerte en su pueblo natal.
Vermouth es una pieza importante en la organización de los hombres de negro. Su verdadera identidad es "Chris Vinyard", una famosa actriz. Conoce la identidad de "Shinichi/Conan" y de "Shiho/Haibara" pero después de estar a punto de pifiarla en la misión para matar a "Sherry", tuvo que hacer un trato con Conan para que dejara en paz a "Shiho". Desde entonces ha mantenido el trato pero se le ha visto envuelta en motivos relacionados con el “Detective Mouri” y eso hace sospechar a "Gin"; también se siente en deuda con "Ran" porque ella, sin saberlo. la salvó de una muerte segura en el caso de "Shinichi en New York" (288) cuando estaba a punto de caerse desde una barandilla de incendios, por lo que desde entonces a "Ran" la conoce como "Ángel" y a "Shinichi" como su "Bala Plateada".
Atsushi Miyano (muerto): Padre de Haibara/Shiho y de Akemi, conocido como el "científico loco" fue el primero en investigar la APTX 4869 y en un principio este medicamento no iba a ser para matar a la gente sino todo lo contrario...
Elena Miyano (muerta): Madre de Haibara/Shiho y de "Akemi", mujer británica de pocas palabras, reservada y arisca conocida como "Hell Ángel" (el ángel del infierno) tuvo un accidente de tráfico junto a su marido y los dos murieron, aunque la verdad es que fueron asesinados por un miembro de la organización.
Calvados (muerto): Se suicidó con una pistola en el capítulo 345, tras ser disparado por "Shuichi Akai" en piernas y brazos, el cual tenia que matar a "Jodie" de un ataque directo, mientras ella hablaba con "Vermouth" pero se despistó y se dejó pillar por Akai, y para que éste no lo capturada con vida se sacrificó.
Kir es el miembro de la organización más joven (27 Años) que se esconde bajo la identidad de la presentadora de noticias Rena Mizunashi. Es la hermana de "Eisuke Hondou". EL verdadero nombre de "Rena/Kir" es "Hidemi Hondou" y pertenece a la "CIA" como su padre (que murió), en el File 604 revela que su objetivo es destruir la organización de los hombres de negro desde dentro, ya que es una infiltrada de la "CIA" dicho anteriormente. La organización ya se la ha llevado del hospital, tras perder a uno de los suyos por el camino, lo cual da que pensar que es una pieza importante para ellos.
Chianti: Francotiradora, que sirve como reemplazo de Calvados tras su muerte. Ella culpa a Vermouth de la muerte de éste, ya que "Calvados" y "Chianti" eran hermanos, y ella sabía lo muy enamorado que estaba "Calvados" de "Vermouth" y como ella se aprovechaba de ello.
Korn: Francotirador, compañero de "Chianti", es un miembro de la organización nuevo, pero domina el rifle como nadie. Su pasado es un misterio de momento, pero es uno de los miembros más viejos en edad que tiene la organización.
Rikumichi Kusuda (muerto): Miembro de la Organización que se infiltró en el Hospital Central de Haido en busca de "Mizunashi Rena" (Kir), pero tras ser descubierto y perseguido por "Shuuichi Akai" se suicida, para no ser pillado por el "FBI" igual que hizo "Calvados".
Bourbon: Miembro de la organización. No se sabe nada de él, aparece por primera vez en el file 622 pero no se sabe como es porque hay 3 sospechosos. Según Jodie, es el encargado de la misión de acabar con Sherry, después de que "Vermouth" renunciara a hacerlo.
En los primeros tomos de la edición española hubo problemas con la traducción de los nombres de la organización, dando el nombre de “Cherry” a “Sherry” y de “Belmotte” a “Vermouth” (pero "Planeta De Agostini" lo corrigió en cuanto vio la errata).
